前往三岛的关键前提是完成关都地区八个道馆挑战并成为联盟冠军。之后需在塞莉市镇与大木博士对话触发群岛任务线，获得行船票后返回真新镇南部的海港，乘坐海狮号渡轮选择三岛目的地。该流程涉及主线剧情推进与特定道具获取，需按步骤完成。
从一岛开始探索是前往三岛的必要过程。在一岛宝可梦网络中心与正辉及其朋友阿锦对话后，将获得三岛通行证和陨石道具。需前往灯火山获取秘传机06岩石粉碎，并收服火焰鸟。完成这些任务后返回码头，乘坐渡轮切换至二岛继续剧情推进，此为解锁三岛路线的关键过渡阶段。
二岛任务核心是解决NPC父女的委托。在游戏厅接取寻找失踪女儿的任务后，需前往三岛树果森林深处击败吓阻NPC的素利拍。完成该事件后返回二岛交接任务可获得月之石奖励，同时激活后续岛屿通行权限。此阶段需注意树果森林地形复杂，建议提前准备解毒剂与解除麻痹状态的药品。
从二岛码头乘船到达三岛港口后，需穿越绊桥区域与七名训练师对战。该区域隐藏道具包括黄金喷雾器与珍珠，探索完毕后可触发三岛核心剧情。若未在一岛取得岩石粉碎技能，三岛部分山洞区域将无法通行，建议提前确认技能机配置。三岛任务链与主线剧情深度关联，建议队伍中配置水系与格斗系宝可梦以应对当地训练师。完成全部岛屿任务后，返回一岛与正辉对话可结束群岛剧情线，此后可随时通过海港渡轮自由往返各岛屿。
