地牢内存在两类特殊宝箱：上锁的黄金箱子和环境宝箱。黄金箱子需要使用黄金钥匙开启，而黄金钥匙主要通过击败地牢怪物获得，其中地牢史莱姆必定掉落黄金钥匙。环境宝箱则需要对应的环境钥匙才能开启，这些钥匙需要收集特定材料合成。掌握这些开启方法是获取地牢高级装备的关键步骤。
开启黄金箱子的首要任务是获取黄金钥匙。除了地牢史莱姆的百分百掉落外，其他地牢怪物也有概率掉落黄金钥匙。获得钥匙后，只需携带钥匙靠近黄金箱子即可自动开启，无需将钥匙放置在快捷栏。黄金箱子内包含妖刀村正、钴盾等重要装备，这些物品在游戏前期具有极高的实用价值，能够显著提升玩家的战斗能力。
环境宝箱的开启机制更为复杂，需要玩家进入困难模式后才能处理。这类宝箱包括腐化、血腥、神圣、丛林和雪地五种类型，每种都需要对应的环境钥匙。钥匙的合成材料包括机械三王的灵魂各5个、世纪之花掉落的神庙钥匙1个，以及对应环境掉落的模具1个。模具的掉落率极低，仅为1/4000，且必须在特定环境中击败怪物才有机会获得。制作环境钥匙需要在秘银砧或山铜砧旁进行。收集齐所有材料后，在制作面板的配件栏中即可找到钥匙合成选项。击败一次机械三王获得的灵魂可以制作多把钥匙，但世纪之花每次只掉落一个神庙钥匙，因此需要合理规划钥匙的制作数量。制作完成后，钥匙会自动存入背包，使用时同样无需装备，直接点击对应环境宝箱即可。
开启环境宝箱能获得接近毕业阶段的强力武器，如吸血飞刀、彩虹枪、冰霜九头龙杖等。这些武器在面对后期BOSS时能发挥重要作用。由于模具掉落条件苛刻，建议玩家在对应生态环境中搭建刷怪场地，提高获取效率。人工创造的环境同样有效，只需满足特定方块数量要求即可形成有效的刷怪区域。游戏机制允许玩家自行给宝箱上锁。使用链条和骨头在铁砧处合成的宝箱锁，对着宝箱按下攻击键即可将其锁定。被锁定的宝箱功能与天然上锁宝箱完全一致，都需要对应钥匙才能开启。这一机制可以用于保护重要物资，但不会影响宝箱内原有物品。
