舰队编组的核心在于合理分配指挥值、优化舰船定位以及平衡攻防属性。一支舰队最多拥有300指挥值，升级到九级基地后可提升至400。舰船在舰队中的位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排，因此前排需要高防御或闪避能力的舰船，中后排则侧重输出或辅助功能。需舰船位置由其蓝图中的定位决定，无法手动调整。创建舰队时可自定义名称，虽然系统提供自动命名，但个性化命名有助于快速识别或在PVP中迷惑对手。舰队属性界面会详细展示火力、舰船构成、移动速度等关键数据，这些信息是调整编队的重要依据。
舰船类型的选择直接影响舰队战斗力。战斗向舰船包括护卫艇、驱逐舰、巡洋舰、战列巡洋舰和航空母舰等，而资源采集向舰船则以工程船为主。战巡和航母指挥值需求较高，通常不建议直接编入主力舰队，可通过增援功能突破指挥值限制，但需注意增援后舰队会从曲速航行转为普通航行，因此不要在曲速状态下增援。高速侦查舰可先行抵达目标位置，再通过增援快速调动主力舰队，从而节省时间。采矿时，工程船可与运输舰混编以提升效率，尤其是前期工程船仓库较小时，这种搭配能显著优化资源采集速度。
舰队移动速度由编队中最慢的舰船决定，因此高速舰与低速舰混编会拖累整体机动性。主力舰队通常以高防御前排搭配中后排输出，移动速度较慢，适合正面推进；而高速输出舰队则侧重包夹战术，要求成员均为高速舰。防空舰船应根据敌方配置灵活调整，若敌方航母或战机较多，可编入搭载防空战机的母舰。攻城类舰船如诺玛M470和云海级适合单独编组为高速拆家队，专门针对敌方前哨或采矿平台。维修船在后期作用有限，因其治疗量难以抵消敌方输出，通常仅在对抗低级NPC时编入。
封锁任务可用来刷野怪经验，但需避免误伤盟友工程船。采矿平台能节省计划圈并提供10%-30%的采集加成，但仅限本同盟成员使用，容易引发矿区争夺。舰队撤退或返回基地时，建议用工程局快速回城，避免暴露基地位置。战后维修仅能在基地船坞进行，预制模块无法在战斗中修复舰船。中立1级据点（黄色标识）是刷经验的理想地点，其护卫舰和驱逐舰易击败且经验丰厚，但需注意撤退维修后重复挑战，而非摧毁基地。
