其主线故事围绕劳拉·克劳馥阻止一场玛雅末日预言而展开，旅程贯穿致命的雨林与古老遗迹。游戏提供了多种难度选项，玩家可以根据自身喜好定制战斗、探险与解谜的具体难度，其中战斗难度直接影响敌人强度与资源补给，而探险与谜题难度则关系到环境提示的多寡与时机判断的宽容度。游戏的基本操作承袭前作并有所拓展，核心操作包括使用生存本能高亮环境互动点、运用钩斧进行摆荡与索降、以及使用绳索箭矢破解机关或搭建通路，熟练掌握这些操作是推进流程的基础。
主线流程始于墨西哥科祖梅尔的洞窟，随后劳拉将深入秘鲁丛林，探寻隐藏的古城帕依提提，并最终直面圣三一组织。推进主线时，建议玩家优先遵循任务目标，因为游戏世界庞大，过早进行无目的探索可能会打断紧凑的叙事节奏。在流程中，劳拉需要穿越复杂的地形，解决环境谜题，并应对遭遇的敌人，游戏特别强调潜行暗杀，合理利用植被与环境阴影进行隐匿攻击往往比正面冲突更为高效。
古墓挑战是游戏体验的核心组成部分，主线中穿插着许多古墓，解开其中的谜题通常能获得永久增强角色能力的技能或装备配方。这些古墓谜题多基于物理机制与环境互动，例如需要调整反光镜折射光线开启通道，或是操纵水位升降来抵达新区域。成功解密不仅需要观察力，也考验对劳拉工具使用的熟练程度。除了主线必经的古墓，世界中还散布着额外的挑战古墓，供玩家探索以获得更丰厚的回报。
劳拉的能力成长贯穿整个主线历程，通过积累经验可以解锁分为求生者、猎人与斗士三大系的技能，直接影响探索、制作与战斗方式。装备升级系统同样重要，玩家需要在营地利用沿途收集的兽皮、矿石等资源来强化武器与装备，例如提升弓的伤害或增加弹药携带量。游戏中的独石碑是一种特殊收集品，解读它们需要劳拉学习对应的古代语言技能，从而获得隐藏宝藏的线索，这构成了主线之外的重要探索驱动力。
