漩涡里的宝箱通常隐藏在特定区域，比如孤云阁附近或一些海岛上。玩家可以通过传送功能快速到达这些地点，然后仔细观察环境，寻找漩涡和水泡泡的迹象，这些往往是宝箱隐藏的线索。要获取漩涡中的宝箱，可以通过任务方式完成。在旋涡之遗任务中，玩家先传送到孤云阁，然后向东前进，会遇到钟离和愚人众，进行对话后继续向东南方向探索。这时使用元素视野，就能发现附近的丘丘人或史莱姆等敌人，击败它们后就能直接获得宝箱作为奖励。
除了任务之外，玩家还可以在地图上自由探索寻找漩涡宝箱。找到一个哑铃形状的岛屿，在北面可以看到漩涡和水泡泡，直接冲进去就能进入内部空间。进入漩涡后，玩家会到达一个密室或岛屿内部。这时需要阅读墙上的石碑获取提示，然后顺着右边的藤蔓爬上去，打破前方的石堆，再阅读另一块石碑，并将游戏内时间调整到凌晨一点左右，这时水位会自然上涨，宝箱就会浮出水面。
使用元素视野非常重要。它能帮助玩家识别隐藏的敌人或互动元素，比如在击败水幻形生物时，元素视野会帮助定位和激活机制，从而顺利解锁宝箱。漩涡宝箱的获取往往涉及一些解谜步骤，比如在密室内寻找火炬并点燃它，这通常是开启宝箱的关键条件。要注意漩涡周围的水泡泡，开船踩上去会触发后续事件。
